Em 22 de abril de 1500, a frota portuguesa de Pedro Álvares Cabral avistou o Monte Pascoal, no atual município de Prado. Itamaraju é um pedaço destas terras que no passado pertenceu a Prado.

Em 1860, a região habitada pelos índios pataxós, passou a atrair diversos exploradores para a atividade de extração de madeira, facilitada pelo acesso pelo Rio Jucuruçu,
Por volta de 1895, nascia de um povoado denominado Dois Irmãos, em louvor aos Santos Padroeiros Cosme e Damião. Durante a Guerra do Paraguai, ali se esconderam alguns desertores, levando a localidade a receber o topônimo de Escondido. Tinha uma pequena rua, tortuosa (atual 5 de outubro) com menos de 150 casas, inclusive barracos, na sua maioria construídos de taipas, cobertas com telhas de tabica, palha, de tijolos e telhas de barro.

Embora fizesse parte do município de Prado, existia uma sociedade particular que o administrava e cobrava aforamento aos seus habitantes. Fazia parte dessa sociedade Virgulino Pereira, Cândido Nascimento, José Guilherme da Rosa, Nestor Camão e outros.

A vila de Escondido se impulsionou com o comércio de jacarandá e pelo alto preço do cacau, que proporcionou o surgimento de fazendas, não só de cacau, como também de pecuária.

Formação Administrativa

Distrito criado com a denominação de Escondido pela Lei Municipal de 1896, subordinado ao município de Prado.

Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o distrito de Escondido, figura no município de Prado.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1960.

Elevado à categoria de município com a denominação de Itamaraju pela Lei Estadual n.º 1.509, de 05-10-1961, sendo desmembrado de Prado. Sede no atual distrito de Itamaraju. Constituído de 2 distritos: Itamaraju e Jucururu, ambos desmembrados de Prado. Instalado em 07-04-1963.

Em divisão territorial datada de 31-XII-1963 o município é constituído de 2 distritos: Itamaraju e Jucururu. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1988.

A Lei Estadual n.º 4.847, de 24-02-1989, desmembra do município de Itamaraju o distrito de Jucururu, elevado à categoria de município com a denominação de Jucuruçu.

Em divisão territorial datada de 1991 o município é constituído do distrito sede.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2015.