Sua história está relacionada com a do município que lhe deu origem. Segundo a memória social local, o morador mais antigo do município é o maranhense Adão de Souza, que estabeleceu, por volta de 1962, uma roça local.
A denominação Bom Jesus surgiu a partir das idéias de moradores mais antigos que consideravam ser um nome significativo, pois é o nome de Deus.
Formação Administrativa
Elevado à categoria de município e distrito com a denominação de Bom Jesus do Tocantins, pela Lei Estadual n.º 5.454, de 10-05-1988, desmembrado de São João do Araguaia, integraria a comarca de judiciária de Marabá. Sede na localidade de Bom Jesus de Tocantins. Constituído do distrito sede. Instalado em 01-01-1989.Em 1991, pela Lei nº 5.708, de 27 de dezembro de 1991 o município de Bom Jesus do Tocantins teve parte de suas terras desmembradas para a criação do município de Abel Figueiredo, anteriormente seu principal distrito.
Em divisão territorial datada de 1995, o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2015.
Fonte: IBGE