A origem do nome está diretamente relacionada à existência farta do JUNCO às margens da lagoa responsável pela formação de um pequeno aglomerado de moradores. Muitas pessoas utilizavam o junco de fabricação de utensílios domésticos. A exploração cresceu e os que passavam em direção à lagoa comentavam: vamos para o Junqueiro.
A história indica ter sido Isabel Ferreira e sua família, os primeiros habitantes. Dona Isabel teve muitos filhos que permaneceram na região. Uma das filhas casou-se com um mulato chamado Tomaz, vindo de Sergipe, que mais tarde ficou conhecido por Pai Félix. Seu nome é apontado como um dos destaques no desenvolvimento de Junqueiro.
Contam os mais antigos que, no tronco de um ingazeiro, foi encontrada uma cruz com um pequeno desenho da Divina Pastora em um dos braços. Pai Félix levantou uma capela perto da árvore para abrigar a cruz, denominado a construção de capela da Santa Cruz. Neste local, anos depois, foi levantada a igreja que tem como padroeira a Nossa Senhora Divina Pastora.
A paróquia foi criada em setembro de 1912, e teve como primeiro Padre, Antônio Procópio, natural do lugar. Manoel Pedro de Almeida e Joaquim Sabino de Almeida, doaram grande parte de suas terras à padroeira. O município, antes Povoado de Limoeiro de Anadia, foi criado pela Lei 379, de 15 de junho de 1903, e instalado em 31 de janeiro de 1904, em 23 de fevereiro de 1932, através do decreto 1619, foi suprimido outras duas vezes. A decisão final, veio através do artigo 6º, do ato das Disposições Transitórias da Constituição Estadual de 1947.
Gentílico : junqueirense
Formação Administrativa
Distrito criado com a denominação de Junqueiro, pela resolução provincial nº 812, de 21-06-1879.
Elevado à vila com denominação de Junqueiro, pela lei estadual nº 379, em 15-061903, desmembrado de Limoeiro. Instalado em 31-01-1904.
Em divisão administrativa do Brasil referente ao ano de 1911, a vila é constituída do distrito sede.
Pelo decreto nº 1619, de 23-02-1932, o município de Junqueiro foi extinto. Sendo seu território anexado ao município de Limoeiro, como simples distrito.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o distrito figura no município de Limoeiro.
A Constituição Estadual, de 16-09-1935, restaurou o município de Junqueiro figurando com o distrito sede.
Em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937, o município é constituído do distrito sede.
Pelo decreto-lei estadual nº 2361, de 31-03-1938, é extinto novamente o município de Junqueiro, sendo seu território anexado ao distrito sede do município de Limoeiro.
Pelo decreto estadual nº 2435, de 30-11-1938, é criado novamente o distrito de Junqueiro e anexado ao município Limoeiro.
Pelo decreto-lei estadual nº 2909, de 30-12-1943, o município de Limoeiro passou a denominar-se Limoeiro de Anadia.
No quadro fixado para vigorar no período de 1944-1948, o distrito de Junqueiro figura no município de Limoeiro de Anadia ex-Limoeiro.
Elevado novamente à categoria de município com a denominação de Junqueiro Por Ato das Disposições Constitucionais deste estado promulgado em 09-07-1947, desmembrado de Limoeiro de Anadia. Constituído do distrito sede.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2007.
Fonte: IBGE