A região onde está situado o município era primitivamente habitada por índios tamoios que foram surpreendidos pelos primeiros conquistadores, portugueses e franceses.

São Gonçalo foi fundado em 6 de abril de 1579 pelo colonizador Gonçalo Gonçalves. Seu desmembramento, iniciado no final do século XVI, foi efetuado pelos jesuítas, que instalaram uma fazenda na zona conhecida como Colubandê no começo do século XVII, às margens da atual rodovia RJ-104.

Em 1646, foi alçada à categoria de paróquia, já que, segundo registros da época, a localidade-sede ocupava uma área de 52 km², com cerca de seis mil habitantes, sendo transformada em freguesia. Visando à facilidade de comunicação, a sede da sesmaria foi posteriormente transferida para as margens do rio Imboaçu, onde foi construída uma capela, monumento atualmente restaurado.

No século XVIII, o progresso econômico atingiria proporções maiores e, ao lado das fazendas, não eram poucos os engenhos de açúcar e aguardente, da mesma forma que prosperavam as lavouras de mandioca, feijão, milho e arroz. O comércio desenvolvia-se na mesma proporção das atividades agrícolas, e as dezenas de barcos de transporte de gêneros e passageiros davam maior movimento ao litoral, em constante intercâmbio com outros portos das diversas freguesias e com os do Rio de Janeiro.

Formação Administrativa

Freguesia criada com a denominação de São Gonçalo, por Alvará de 10-02-1646 ou 1647. subordinado ao município de Niterói.

Elevado à categoria de vila com a denominação de São Gonçalo, pelo Decreto Estadual n.º 124, de 22-09-1890, desmembrado de Niterói. Constituído do Distrito Sede.

Suprimida pelo Decreto n.º 01-05-1892.

Restaurada, por Lei Estadual n.º 34, de 17-12- 1892.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o município é constuído de 3 distritos: São Gonçalo, Cordeiros e Itaipu.

Pela lei n.º 1679, de 20-12-1920, é criado o distrito de Neves e anexado ao município de São Gonçalo.

Pela Lei Estadual n.° 1.797, de 20-11-1922, a Vila foi elevada à categoria de Cidade.

Pela Lei Estadual n.° 2.335, de 27 de dezembro de 1929, recebeu foros de Cidade.

Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o município São de Gonçalo se compõem de 4 distritos: São Gonçalo, Cordeiros, São Sebastião do Itaipu e Neves.
Em divisões terrritoriais datadas de 31-Xll-1936 e 31-Xll-1937, bem como no quadro anexo ao Decreto-Lei Estadual n.º 392-A, de 31 de março de 1938, o município de São Gonçalo compreende o único termo judiciário da comarca de São Gonçalo e se compõem de 4 distritos: São Gonçalo, Cordeiros, Itaipu e Neves.

No quadro Fixado, pelo Decreto-Lei Estadual n.º 641, de 15 de dezembro de 1938, para vigorar em 1939-1943, o Município de São Gonçalo se compõem de 6 distritos: São Gonçalo, Itaipu, José Mariano (ex-Cordeiros), Monjolo, Neves e Sete Pontes, e é termo judiciário da comarca de São Gonçalo, formada pelos termos de São Gonçalo, Itaboraí e Maricá. Pelo citado decreto, o distrito da sede perdeu parte do território para os novos distritos de Monjolo e Sete Pontes do mesmo município de São Gonçalo.

Pelo Decreto-lei Estadual n.º 1.055, de 31-12-1943, é transferido o distrito de Itaipu do município de São Gonçalo para o de Niterói.

Em virtude do Decreto-Lei Estadual n.º 1.056, de 31-12-1943, que fixou o quadro da divisão territorial, administrativa e judiciária do Estado, para vigorar em 1944-1948, o município de São Gonçalo é composto de 5 distritos: São Gonçalo, Ipiiba (ex-José Maraiano) Monjolo, Neves e Sete Pontes, e constitui o termo judiciário de São Gonçalo, o qual juntamente com os termos de Itaboraí e Maricá forma a comarca de São Gonçalo.

Em divisão territorial datada de 1-Vll-1955, o município de São Gonçalo figura com 5 distritos: São Gonçalo, Ipiiba, Monjolo, Neves e Sete Pontes e é termo da comarca de São Gonçalo formada pelos termos de São Gonçalo e Maricá.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-Vll-1960.

Em Síntese de 31-Xll-1994, o município é constituído de 5 Distritos: São Gonçalo, Ipiiba, Monjolo, Neves e Sete Pontes.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2007.