Um pequeno lugarejo denominado Vila Bethlém era sede da Companhia Fazenda Belém, empresa associada da The São Paulo Railwai CO., que lideravam um empreendimento formado em 1858 por capitais britânicos e brasileiros com o objetivo de construir uma ferrovia entre as cidades de Santos e Jundiaí para escoar a produção cafeeira do interior do Estado até o porto paulista.

Uma parte da Fazenda Belém, denominada Campos do Juqueri, foi comprada por Irineu Evangelista de Souza, o Barão de Mauá, na época, por 8.888 contos de réis. A Vila Bethlém servia de acampamento aos operários que construíram o túnel que transpunha a Serra do Botujuru.

Após a conclusão do túnel, a São Paulo Railway, conhecida popularmente como "Inglesa", havia comprado do Barão de Mauá os 45 km2 que hoje formam a cidade de Francisco Morato. Com a inauguração do túnel de Botujuru, a área em torno da vila transformou-se numa fazenda de eucaliptos que fornecia lenha para ser usada na estrada de ferro. Surgiram também, às margens da ferrovia, várias olarias e cerâmicas que produziam tijolos e telhas utilizadas pela companhia que construía a ferrovia.

O nome do local foi simplificado para Belém em 1900, quando a São Paulo Railway duplicou as linhas férreas e construiu uma pequena estação de abastecimento onde hoje é a estação ferroviária.

A Vila Bethlém tornou-se temporariamente entreposto de produtos agrícolas vindos de Bragança Paulista, Atibaia e cidades do sul de Minas Gerais. Pois antes da conclusão do túnel, o ponto final da ferrovia era aqui.

Em 1946, com a emancipação da São Paulo Railway CO. pelo governo brasileiro, as terras da Companhia Fazenda Belém foram loteadas em vários sítios e a vila tornou-se distrito do recém emancipado município de Franco da Rocha.

Como as leis brasileiras não permitiam que houvesse no país duas cidades com o mesmo nome (Belém do Pará e Vila Bethlém, ou simplesmente Belém), a cidade paraense conservou seu nome, por ser mais antiga e ser capital de um estado e, em 1954, foi sugerida que a antiga Vila Bethlém recebesse o nome de Francisco Morato.

A sugestão foi dada pela Faculdade de Direito do Largo São Francisco, onde o professor Francisco Morato havia lecionado. Acolhida pela Câmara Municipal de Franco da Rocha, o distrito de Francisco Morato emancipou-se político-economicamente no dia 21 de março de 1965. Depois de um plebiscito realizado no distrito e aprovado pela Assembléia Legislativa do Estado.

Nascia, portanto, há exatos 40 anos, a cidade de Francisco Morato. Com aspecto de típica cidade do interior, com casas simples; ruas de terra, freqüentadas por charretes e carroças; com sua geografia acidentada, cheia de morros e desníveis e com uma pequena população (cerca de 5.000 pessoas, segundo pesquisas da época), que ainda dependia de Franco da Rocha para se desenvolver.

Formação Administrativa

Distrito criado com a denominação Francisco Morato, pela Lei Estadual n.º 233, de 24-12-1948, subordinado ao município de Franco da Rocha.

Em divisão territorial datada de 1-VII-1950, o distrito figura no município de Franco da Rocha.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1960.

Elevado à categoria de município com a denominação de Francisco Morato, pela Lei Estadual n.º 8.092, de 28-02-1964, desmembrado do município de Franco da Rocha. Sede no antigo distrito de Francisco Morato. Constituído do distrito sede. Instalado em 21-03-1965.

Em divisão territorial datada de 31-XII-1968 o município é constituído do distrito sede.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2009.