Depois de São Cristóvão e Itabaiana, o município de Lagarto é a vila mais antiga de Sergipe. Se a colonização européia chegou naquelas terras por volta de 1595, então acredita-se que o contato com os índios já vinha acontecendo desde 1540.

Existem relatos históricos dando conta que os religiosos encontram uma aldeia de índios Kiriris na confluência dos rios Piauí e Jacaré, que tinham o comando do cacique Surubi. Por volta de 1575, os jesuítas levantaram uma capela com o nome de São Tomé e depois uma escola para os curumins.

Naquela região os religiosos ainda teriam levantado mais duas capelas: a de Santo Antônio e a de São Pedro e São Paulo. Entre os jesuítas estavam Gaspar Lourenço e João Solônio.

Formação Administrativa

Distrito criado com a denominação de Lagarto em 1703.

Elevado à categoria de vila com a denominação Lagarto em 1698.

Elevado à condição de cidade com a denominação de Lagarto pela Lei Provincial n.º 1.140, de 20-04-1880.

Em divisão administrativa referente ao ano de 1911 o município é constituído do distrito sede. Assim permanecendo em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937.

No quadro fixado para vigorar no período de 1944 a 1948 o município é constituído do distrito sede.

Em divisão territorial datada de 1-VII-1960 o município é constituído do distrito sede. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2015.