São Cristóvão é a quarta cidade mais antiga do país e foi a primeira capital de Sergipe. Foi fundada por Cristóvão de Barros em 1590.

A cidade sofreu sucessivas mudanças, até firmar-se no local em que hoje se encontra, à margem do rio Paramopama, afluente do rio Vaza-Barris. Em 1637 foi invadida pelos neerlandeses, ficando praticamente destruída. As tropas luso-espanholas, sob o comando do conde de Bagnoli, tentando evitar o abastecimento dos inimigos, incendiaram as lavouras, dispersaram o gado e conclamaram a população a desertar. Os neerlandeses, que encontraram a cidade semideserta, completaram a obra da destruição.

Em 1645, os neerlandeses foram expulsos da capitania de Sergipe, deixando a cidade em ruínas. No final do século XVIII, Sergipe foi anexado à Bahia e São Cristóvão passa à sede de Ouvidoria. Em 1710 foi invadida pelos habitantes de Vila Nova, região norte de Sergipe, revoltados com a cobrança de impostos por Portugal. Nos meados do século XVIII, a cidade foi totalmente reconstruída. Em 1763 sofre a invasão dos negros dos mocambos e índios perseguidos.

No dia 8 de julho de 1820, através de Decreto de Dom João VI, Sergipe foi emancipado da Bahia, sendo elevado à categoria de Província do Império do Brasil e São Cristóvão torna-se, então, a capital.

No final da primeira metade do século, os senhores de engenho lideram um movimento com o objetivo de transferir a capital para outra região onde houvesse um porto capaz de receber embarcações de maior porte para facilitar o escoamento da produção açucareira, principal fonte da economia na época.

Em 17 de março de 1855, o então presidente da Província, Inácio Joaquim Barbosa, transferiu a capital para Aracaju. A partir desse momento, a cidade passa por um processo de despovoamento e crise, que só é resolvido no início do século XX com o advento das fábricas de tecido e a via férrea.

Formação Administrativa

Distrito criado com a denominação de São Cristóvão em 1617.

Elevado à categoria de vila com a denominação de São Cristóvão em 1590. Sede na antiga povoação de São Cristóvão.

Elevado à condição de cidade e sede municipal com a denominação de São Cristóvão pela Carta Lei de 08-04-1823.

Pela Lei Provincial n.º 135, de 30-01-1845, é criado o distrito de Itaporanga e anexado ao município de São Cristóvão.

A Lei Provincial n.º 383, de 10-05-1854, desmembra do município de São Cristóvão o distrito de Itaporanga, elevado à categoria de vila.

Pela Lei Estadual n.º 413, de 17-03-1855, São Cristóvão deixou de ser capital da antiga província.

Em divisão administrativa referente ao ano de 1911 o município é constituído do distrito sede. Assim permanecendo em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937.

No quadro fixado para vigorar no período de 1944 a 1948 o município é constituído do distrito sede. Em divisão territorial datada de 1-VII-1960 o município é constituído do distrito sede. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2014.