Habitavam primitivamente a região, hoje compreendida no município de Jutaí, os índios Catuquinas, Marauás, Ariaceus e outros.

As origens do município remontam ao século XVII, quando o jesuíta Samuel Fritz fundou a aldeia de Tefé.

A região foi posteriormente objeto de disputa entre espanhóis e portugueses, vencendo estes, em fins do século XVIII.

Elevado a município, Tefé em meados do século XIX chega a ter uma área de 500.000 km². Posteriormente, ocorreram vários desmembramentos, dando origem a vários municípios, entre os quais em 1891, o de Fonte Boa.

O topônimo é em homenagem ao rio Jutaí.

Formação Administrativa

Em 1928, este município torna-se sede de comarca.

Elevado à categoria de município e distrito com a denominação de Jutaí, pela Lei Estadual n.º 96, de 19-12-1955, desmembrado do município de Fonte Boa. Sede no atual distrito de Jutaí (ex-povoado de Boa Vista). Constituído do distrito sede. Instalado em 11-04-1956.

Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído do distrito sede.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2009.