A História da formação do povoado de Conceição das Pedras está diretamente ligada à Inconfidência Mineira e a própria História do Brasil.


Com as descobertas de ouro, durante o século XVIII em Minas Gerais, houve uma grande migração a procura do minério na região. Por volta de 1776, Inácio José de Alvarenga Peixoto, então recém nomeado ouvidor da comarca do Rio das Mortes, compra grandes extensões de terra em Minas e em particular nesta região.


Casa-se com Bárbara Heliodora Guilhermina da Silveira, que residia na Vila de Santo Antônio da Campanha e era de família abastada e dona de lavras de mineração. Em visita a esta região, Alvarenga descobre um lago e pensa na possibilidade de encontrar ouro. Envia, então, 3 escravos mineradores para fazer uma pesquisa no local e concluíram pela existência da riqueza mineral. Diante disso, Alvarenga destina cerca de duzentos escravos para iniciar a lavra, sob comando dos 3 escravos. Para que a água escoasse do lago, fizeram um corte de 10 metros de profundidade por 2,5 ms de largura nas pedras, usando ferramentas rudimentares. Houve uma extração fenomenal de ouro.


Com a imposição da cobrança de impostos na Capitania das Minas, denominada "derrama", Alvarenga, que participava do movimento da conspiração mineira, vê a possibilidade de esconder todo o ouro acumulado a fim de não pagar os tributos. Envia mensagem a sua esposa, Bárbara Heliodora, para que delegasse a um emissário as ordens de esconder o ouro e eliminasse os escravos em seguida.


Os três escravos, Azulão, Sucupira e Capituva, de posse de um mapa com a localização do esconderijo, seguem viagem em direção a cidade de Campanha, onde residia Bárbara Heliodora. Ao subir a serra na direção da antiga fazenda do Sr. Joaquim Aurélio, Azulão assassina Sucupira e Capituva e, mais do que depressa segue para Vila Rica. Enquanto isso, Alvarenga é preso em Vila Rica e enviado para o presídio da Ilha das Cobras, no Rio de Janeiro. Sua esposa acaba enlouquecendo.


Ao chegar em Vila Rica, Azulão toma ciência dos fatos e parte para o Rio de Janeiro. Já nesta época, os condenados da Conspiração haviam sido degredados para Angola, na África. Azulão não vê outra saída senão partir para a África também. O esperado encontro entre eles não aconteceu e, constituindo família, Azulão nunca mais voltou ao Brasil. Seu filho casou-se com uma boliviana e há a possibilidade deste mapa estar na Bolívia.


Após a prisão de Alvarenga Peixoto, o governo envia o Sargento Mor Inácio de Magalhães para fiscalizar a região e evitar minerações clandestinas. Por ser muito enérgico, tornou-se conhecido pela alcunha de Roque Bravo. Há relatos de que quem não o cumprimentasse com honrarias era imediatamente enviado à morte.


Assim no povoado, denominado São Bom Jesus, foi construída uma capela e algumas famílias de descendência portuguesa fixaram residência. Dentre estas famílias, destaca-se o casal Antônio e Mariana Nunes. Já em 1910, por iniciativa do padre Roque Concentino, a padroeira passa a ser Nossa Senhora da Conceição. Em 1920, devido ao nome da padroeira, o povoado passou a chamar-se Conceição das Pedras.


Em 1930 passou à categoria de Distrito, pertencente a Comarca de Santa Rita do Sapucaí. Em 1932, passou a pertencer ao Município de Natércia, antiga Santa Catarina (ou Catherina). No dia 1 de março de 1963 foi instalado o Município de Conceição das Pedras. Na ocasião foi designado como intendente municipal, Joaquim Eufrásio de Carvalho, por um período de 6 meses, cuja missão era preparar o Município para a posse do primeiro prefeito, eleito pelo povo, e reger com as Leis de Origem, isto é, de Natércia, até que o Município constituísse sua própria Legislação.


A primeira eleição Municipal de Conceição das Pedras foi realizada em 30 de junho de 1963, sendo eleito Francisco Rodrigues dos Santos, que tomou posse em 29 de agosto do mesmo ano.