Até o século XVI, a região atual do município era território dos índios carijós. A partir de 1646, com a descoberta de jazidas de ouro, a região passou a ser ocupada por mineradores e aventureiros provenientes de São Paulo. Em 1721, foi fundado oficialmente o povoado de Morretes.

Foi o ouvidor Rafael Pires Pardinho quem, em 1721, determinou que a Câmara Municipal de Paranaguá medisse e demarcasse 300 braças em quadra para servir de localização da sede da futura povoação de Morretes. Em 31 de outubro de 1733 foi realizada a medição das terras no ponto onde residia o rendeiro do porto João de Almeida, primeiro morador a localizar-se nas terras delimitadas, onde foram construídas duas casas, uma das quais pertencia a João de Almeida, localizada no morro da Igreja, e a outra denominada Casa da Farinha.

O povoamento da localidade foi lento e, em meados do século XVIII, transferiu-se para Morretes o parnanguara Capitão Antônio Rodrigues de Carvalho e sua esposa Dona Maria Gomes Setúbal, que receberam autorização do Papa para levantar uma Capela. Sendo esta erigida em 1769 e foi denominada Nossa Senhora do Porto e Menino Deus dos Três Morretes.

A partir desta época, o lugar teve grande crescimento com o setor comercial tornando-se ponto de referência obrigatória aos viajantes de serra acima e rio abaixo.

Em 1812, começou a construção da atual Igreja Matriz de Nossa Senhora do Porto, no mesmo local da primitiva Capela.

Na primeira metade do século XIX, foi construída no Porto de Cima, pelos escravos, a Igreja de São Sebastião. Devoção de origem portuguesa sob a invocação de Nossa Senhora da Guia e de São Sebastião.

O nome do município originou-se do fato de estar a Cidade cercada por morros de pequena elevação e que eram denominados de Morretes.

Morretes teve um papel relevante no desenvolvimento econômico e politico do Estado, notadamente no Ciclo do Ouro de 1665 a 1735, quando havia muitas minas, destacando-se entre elas a mina de Penajóia e no ciclo da erva-mate, 1820 a 1880, quando o comércio e o beneficiamento da erva-mate sobrepujou as demais atividades. Os engenhos de socar erva eram quase todos movidos por força hidráulica. Ela chegava aqui pelo caminho da Graciosa e depois conduzida ao planalto pelo caminho do arraial. Foi neste ciclo, que em 1848, foi construído o 1º Theatro do Paraná, no Largo da Parada.

Com a chegada dos trilhos de aço da Estrada de Ferro, cujo tráfego iniciou-se em 1885, Morretes decaiu vertiginosamente. Seu comércio foi altamente prejudicado, parando os engenhos de erva-mate e afetando toda a estrutura sócio-econômico-cultural do município. A partir de então, operou-se uma reação reconquistando, aos poucos, sua importância no contexto do estado do Paraná.

Formação Administrativa

Freguesia criada com a denominação de Nhundiaquara, pela Resolução Régia de 18-05-1811 e pela Resolução Provincial de 29-04-1812, subordinado ao município de Antonina.

Elevado à categoria de vila com a denominação de Nhundiaquara, por Lei Provincial de São Paulo n.º 16, de 01-03-1841, desmembrado de Antonina. Sede na povoação de Nhundiaquara. Constituído do distrito sede. Instalado em 05-07-1841.

Pela Lei Provincial n.º 32, de 07-04-1855, é criada a freguesia de Porto de Cima e anexado a vila de Nhundiaquara.

Elevado à condição de cidade, pela Lei Provincial n.º 188, de 24-05-1869.

Pela Lei Provincial n.º 227, de 07-04-1870, o município de Nhundiaquara passou a denominar-se Morretes.

Pela Lei Provincial n.º 294, de 07-03-1872, é desmembrada da vila de Morretes a freguesia de Porto de Cima. Elevado à categoria de vila.

Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o município é constituído do distrito sede.

Pelo Decreto n.º 2.439, de 05-12-1931, o município de Porto de Cima é extinto, sendo seu território anexado do município de Morretes.

Em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937, o município é constituído de 2 distritos: Morretes e Porto de Cima.

Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído de 2 distritos: Morretes e Porto de Cima.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2017.