A cidade foi fundada como um pequeno arraial em 1727, quando Manoel Rodrigues Tomás, chefe de um grupo de garimpeiros submetidos ao bandeirante Anhanguera e guiado por Urbano do Couto Menezes, chegou à região com a missão de descobrir novas jazidas de ouro. A antiga Minas de Nossa Senhora do Rosário de Meia Ponte tornou-se um acampamento de garimpeiros e teve seu crescimento ligado a essa atividade. A mão de obra principal era formada de escravos negros e índios que ainda habitavam a região.

A primeira rua da cidade era uma ligação entre uma pousada (na saída para Vila Boa, hoje Goiás) e o garimpo de ouro. O centro urbano desenvolveu-se em torno da Igreja Matriz até a construção das Igrejas do Bonfim e do Carmo, que atraíram casas para seus arredores.

Na segunda metade do século XVIII, o crescimento de Pirenópolis ficou paralisado devido à crise da exploração do ouro. Em 1800 acontece uma retomada da economia, alavancada pela agricultura (principalmente algodão), pecuária e comércio. Apesar das mudanças das rotas comerciais da região a partir de 1850, o crescimento do centro urbano vai até o fim do século XIX, quando a cidade passou por um período de estabilidade econômica e cultural.

Entre 1830 e 1834, a cidade sediou o primeiro jornal do estado de Goiás, chamado Matutino Meia Pontense.

Em 1890, seu nome oficial passou a ser Pirenópolis, uma homenagem à serra dos Pireneus, que cerca toda a cidade. A serra, por sua vez, teve seu nome tirado da cadeia de montanhas que separa a França da Espanha.

Formação Administrativa

Distrito criado com a denominação de Meia Ponte, pela Carta Régia de 10-08-1754.
Elevado à categoria de vila com a denominação de Meia Ponte, pelo Decreto de 10-07-1882. Instalado 14-04-1833.

Elevado à condição de cidade com a denominação de Meia Ponte, pela Lei Provincial n.º 3, de 02-08-1853.

Pelo Decreto Estadual n.º 18, de 27-02-1890, o município de Meia Ponte passou a denominar-se Pirenópolis.

Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o município é constituído do distrito sede.

Pelo Decreto Municipal n.º 93, de 23-06-1933, é criado o distrito de Nossa Senhora da Conceição e anexado ao município de Pirenópolis.

Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o município é constituído de 2 distritos: Pirenópolis e Nossa Senhora da Conceição.

Assim permanecendo em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937.

Pelo Decreto-Lei Municipal n.º 1.233, de 31-10-1938, o distrito de Nossa Senhora da Conceição passou a denominar-se Lagolândia.

Pela Lei Municipal n.º 145, de 22-10-1958, é criado o distrito de Barra Alto e anexado ao município de Pirenópolis.

Pela Lei Municipal n.º 2.139, de 14-11-1958, é desmembrado do município de Pirenópolis o distrito de Barro Alto. Elevado à categoria de município.

Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído de 2 distritos: Pirenópolis e Lagolândia.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2017.