Na confluência do ribeirão Guarda-Mor com o rio Guareí, em terras de propriedade de Elias Ayres do Amaral, os prussianos Philippe Jacob, João Momberg, Henrique Wietes e Gaspar Estanagel se instalaram, em 1827, com intenção de formar um povoado.

No local, ergueram uma capela, em louvor a São João Batista, construíram um cemitério e diversas casas.

Elias Ayres do Amaral não concordando, chegou, em sinal de protesto, a determinar a seus escravos a derrubada do cruzeiro erguido pelos posseiros.

A demanda foi levada à justiça, que decidiu em favor dos colonos. Em 26 de abril de 1865, a Lei Imperial nº. 99, determinou a desapropriação das terras para a Capela de São João Batista de Guareí, instituída canonicamente em 9 de fevereiro de 1872.

A economia de Guareí, fundamentada na agricultura e pecuária não foi suficiente para evitar o êxodo da população e sua extinção em julho de 1934. Dois anos depois, teve, no entanto, sua condição municipal reassegurada.

O topônimo tem duas versões: no tupi guará-y, significa rio guará (o lobo brasileiro) e segundo Theodoro Sampaio, seria curruptela de guari-y, ou o rio dos macacos. Por tradição local o primeiro significado é o reconhecido.

Formação Administrativa

Freguesia criada com a denominação de Guareí, por Lei Provincial n.º 14, de 05-03-1871, no município de Guareí.

Elevado à categoria de vila com a denominação de Guareí, pela Lei Provincial n.º 09, de 16-03-1880, desmembrado do município de Itapetinga. Constituído do distrito sede. Instalado em dia 20-01-1881.

Elevado à condição de cidade e sede municipal Guareí, pela Lei Estadual n.º 1.038, de 19-12-1906.

Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o município é constituído do distrito sede.

Assim permanecendo em divisão administrativa referente ao ano de 1933.

Pelo Decreto-lei n.º 6.530, de 03-07-1934, o município de Guareí é extinto, sendo seu território anexado ao distrito sede do município de Tatuí.

Elevado novamente à categoria de município com a denominação de Guareí, pelo Decreto n.o 2.695, de 05-11-1936, desmembrado do município de Tatuí. Constituído do distrito sede.

Em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937, o município é constituído do distrito sede.

Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído do distrito sede.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2009.