Mata de São João foi criada em 1549, quando a comitiva de Tomé de Souza chegou ao Brasil, trazendo Garcia D`Ávila, futuro proprietário de muitas terras. Foi Garcia DÁvila que em 1551 construiu a fortaleza estratégica da Casa da Torre, ou Castelo Garcia DÁvila, no ponto mais alto do litoral baiano, enseada de Tatuapara, hoje conhecido como Praia do Forte, de grande importância estratégica para a colônia que vinha se formando a partir de Salvador.


A base da Casa da Torre fiscalizava o movimento de embarcações que se aproximavam do Porto da Bahia e estabeleceu importantes funções na lutas pela independência e na defesa territorial da Estado. Foi do posto de observação do Castelo que provavelmente surgiu o primeiro sistema de comunicação na América, já que eles tiveram que desenvolver uma maneira de comunicar a Salvador, que ficava a 80 km, quando avistavam uma nau inimiga.


O Castelo também era ponto de partida de entradas e bandeiras, atividades que o transformaram na sede do maior latifúndio do mundo, com 800.00 Km², com fazendas de plantio de coco e criação de gado, se estendendo desde a Bahia até o Maranhão.


As obras de construção do Castelo só foram concluídas em 1624, e hoje ainda se pode encontrar em Mata de São João as ruínas deste patrimônio arquitetônico e histórico, também conhecido como Castelo da Torre, Castelo Garcia DÁvila, Torre de Garcia DÁvila, Solar da Torre ou Torre de Tatuapara. O castelo é hoje um exemplar único em estilo arquitetônico medieval nas Américas.


Conta-se que Mata de São João durante muitos anos teve o nome de São João da Mata, sendo depois denominada de Mata de São João graças a João Lopo de Mesquita, que devastou matas e abriu estradas entre 1649 e 1659. Os nortistas pregavam: vamos trabalhar nas matas de seu João. E então o nome Mata de São João foi registrado oficialmente em 1846, quando o povoado foi elevado à categoria de Vila. As terras que hoje lhe pertencem eram no séc. XVIII parte dos municípios de Água Fria e Espírito Santo de Nova Abrantes, originários de missões jesuítas; o último deu origem a Camaçari.


Contam que a cidade é marcada por algumas curiosidades. Foi em Mata de São João por exemplo que foi plantado no séc. XVI um dos cinco primeiros pés de coco-da-baía do Brasil. Além disso, Mata já teve a honra de receber Dom Pedro II e a família real, que veio pela estrada férrea Leste Brasileiro. E foi lá que aconteceu, em 1845, uma das primeiras manifestações do espiritismo no mundo.