Seu povoamento deu-se pelo ano de 1870 com o nome inicial de São Francisco Xavier, depois de São Xavier, Cerro Pelado e consolidou-se como Porto Xavier, devido ao porto no rio Uruguai.

A origem do atual território começa com as Reduções Jesuíticas fundadas pelo Padre Roque Gonzales, na primeira metade do século XVII, na Região das Missões.

Formação Administrativa

Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, figura no município São Luiz Gonzaga o distrito de Porto Xavier.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1950.

Pela Lei Estadual n.º 2.519, de 15-12-1954, o distrito de Porto Xavier, foi transferido do município de São Luiz Gonzaga, para constituir o novo município de Cerro Largo.

Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o distrito de Porto Xavier, figura no município de Cerro Largo.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de 31-XII-1963.

Elevado à categoria de município com a denominação de Porto Xavier, pela Lei Estadual n.º 5.214, de 06-01-1965, desmembrado do município de Cerro Largo. Sede no antigo distrito de Porto Xavier. Constituído do distrito sede. 15-05-1965.

Em divisão territorial datada de 31-XII-1968, o município é constituído do distrito sede.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2001.

Pela Lei n.º 1.059, de 22-12-1995, é criado o distrito de Rincão Comprido e anexado ao município de Porto Xavier.

Em divisão territorial datada de 2001, o município é constituído de 2 distritos: Porto Xavier e Rincão Comprido.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2007.