Surgiu do povoado assentado nas proximidades do rio São Miguel, por colonos vindo principalmente dos municípios de Rolim de Moura e Presidente Médici.

O nome de São Miguel foi em homenagem ao rio São Miguel.

Formação Administrativa

Elevado á categoria de município com a denominação de São Miguel do Guaporé, pela Lei Estadual n.º 200, de 06-07-1988, alterada em seus limites, pela Lei Estadual n.º 206, de 06-07-1988, desmembrado município de Costa Marques. Sede no atual distrito de São Miguel do Guaporé (ex-São Miguel). Constituído d distrito sede. Instalado em 31-12-1988.

Em divisão territorial datada de 1991, o município é constituído do distrito sede.

Pela Lei Municipal n.º 142, de 25-02-1993, é criado o distrito de Santana do Guaporé e anexado ao município de São Miguel do Guaporé.

Em divisão territorial datada de 1995, o município é constituído de 2 distritos: São Miguel do Guaporé e Santana do Guaporé.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2007.