A origem do atual município remonta ao século XVII, quando as incursões de navegadores europeus incentivaram a coroa portuguesa, então unida à espanhola, a tomar providências no sentido de garantir o domínio da região. Assim, em 1634, pela Carta Régia de 14 de junho, Felipe IV criou a Capitania do Cabo Norte, também chamada Costa do Cabo Norte e doou-a a Bento Maciel Parente. As terras estendiam-se do rio Oiapoque até o rio Amazonas e, por este, até o rio Paru, onde se situava o território de Calçoene, antigo distrito do município de Amapá, desde a incorporação do Contestado ao território brasileiro, em 1901.

A descoberta das minas auríferas do rio Calçoene despertou a febre do ouro nos habitantes da Guiana Francesa, reavivando os problemas políticos da fronteira, acumulados desde a era colonial. A luta pela região foi encerrada com a vitória dos brasileiros, comandados por Francisco Xavier da Veiga Cabral, o Cabralzinho.

A Cidade de Calçoene teve origem com o movimento de garimpeiros e faiscadores de ouro e o trânsito de abastecimento das minas. Situada na margem esquerda do rio Calçoene, ao pé da primeira cachoeira, ponto importante para o transporte de mercadorias destinadas às minas de Lourenço, a localidade se desenvolveu rapidamente. Antes da incorporação da região ao território brasileiro, exploradores construíram, no último quartel do século passado, um monorailway, estrada de ferro, ligando a localidade de Calçoene a Lourenço.

Formação Administrativa

Distrito criado com a denominação de Calçoense, pelo Decreto-lei Federal n.º 7.578, de 23-05-1945, subordinado ao município de Amapá.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1950, o distrito de Calçoene figura no município de Amapá.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1955.

Elevado á categoria de município com a denominação de Calçoene, pela Lei Federal n.º 3.055, de 22-12-1956, desmembrado do município de Amapá. Sede no antigo distrito de Calçoene. Constituído de 3 distritos: Calçoene, Cunani e Lourenço. Todos criados pela Lei acima citada. Instalado em 25-01-1957.

Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído de 3 distritos: Calçoene, Cunani e Lourenço.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2009.