Ao tempo da fundação de São Paulo, o setor norte era povoado por duas tribos da nação Tupi: a dos Guarulhos, da família dos Guaianases, que dominavam a margem direita do Rio Tietê e outra a do Uraraí, ocupando a margem oposta, desde a Penha até São Miguel. E, em 1560, pela necessidade de defesa e para favorecer a catequese, os Jesuítas concentraram as duas tribos, formando aldeias de Conceição dos Guarulhos e São Miguel, cada uma à sua margem, cerca de um quilômetro do Tietê.

Próximo a São Miguel, em reconhecimento aos trabalhos prestados na formação dessa aldeia, foi concedida ao Padre João Alvares uma sesmaria, onde este pároco construiu uma capela sob invocação de Nossa Senhora DAjuda. Anos mais tarde, os desentendimentos entre jesuítas e donatários das terras adjacentes às aldeias, provocaram um certo abandono de São Miguel, vindo seus missionários e gentios a se fixarem junto à capela de Nossa Senhora DAjuda.

Apesar de colonização antiga e de possuir uma rústica povoação onde foi criada a freguesia de Itaquaquecetuba em 1838, o núcleo urbano somente foi efetivado no início do século XX, quando os padres responsáveis pela administração dos bens da igreja venderam, em 1910, parte das terras a José Monteiro Diogo, João Augusto de Miranda, Joaquim Pedro Fagundes, Cândido Alves, Benedito Rodrigues de Godoy e Carlos Alexandrino de Morais.

Inicialmente dedicados à agricultura de subsistência, os povoadores introduziram outras atividades, principalmente a partir da instalação de uma estação ferroviária em 1925, na variante de Moji das Cruzes da Estrada de Ferro Central do Brasil. Nessa época, começaram a exploração vegetal para produção de carvão e, devido à afluência de novos moradores, foram instaladas várias olarias de grande significado econômico para o município que foi criado em 1953.

O topônimo indígena Itaquaquecetuba, que significa abundância de taquaras que cortam, deve-se à existência, na época da fundação da aldeia, de imenso taquaral, margeando os rios Tietê e Tipóia.

Formação Administrativa

Distrito criado com a denominação de Itaquaquecetuba, pela Lei Provincial n.º 17, de 28-02-1838, subordinado ao município de Mogi das Cruzes.

Em divisão administrativa do Brasil referente ao ano de 1911, o distrito de Itaquaquecetuba, figura no município de Moji das Cruzes.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1950.

Elevado à categoria de município com a denominação de Itaquaquecetuba, pela Lei Estadual n.º 2.456, de 30-11-1953, desmembrado do município de Moji das Cruzes (ex-Mogi das Cruzes). Sede no antigo distrito de Itaquaquecetuba. Constituído do distrito sede. Instalado em 01-01-1954.

Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído do distrito sede.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2009.