Como bairro de Itajaí, Navegantes, apesar de fazer parte do perímetro urbano, pela situação geográfica, vivia em relativo abandono. As estradas eram precárias e estruturadas em areia e fragmentos de pedras brutas, aproveitadas dos resíduos deixados pelos trabalhos da CoBrasil. O cemitério que havia sido construído pelo povo em 1931, não recebia manutenção da prefeitura e, em épocas de chuvas mais intensas, a rede de valas que drenavam o bairro, transbordavam, abrindo verdadeiras crateras, devido a grande extensão, nas principais vias de acesso, onde permaneciam por meses seguidos sem receber os consertos indispensáveis. As ruas praticamente não tinham iluminação e, a qualidade da luz elétrica fornecida às residências era de baixa potência. A população menos esclarecida levava suas queixas às lideranças políticas do bairro, e estes, aos prefeitos de Itajaí, que pouco se sensibilizavam com a situação.

Enquanto bairro de Itajaí, o comércio não se desenvolvia, os estudos secundários inexistiam, não se dispunha de nenhum recurso de assistência à saúde e a extensa e bela praia não recebia nenhum investimento, cuidado ou divulgação. Diante de tal situação, líderes de tradicionais famílias de Navegantes como Athanásio Joaquim Rodrigues e seu jovem sobrinho Onofre Rodrigues Júnior, os irmãos Vicente Coelho e João Honorato Coelho, Arnoldo Bento Rodrigues, Francisco Marcelino Vieira, Evaldo Reiser, e, ainda, outros cidadãos que estavam radicados no município, como Cirino Adolfo Cabral, Osório Gonçalves Vianna, João Henrique Reis, Olindo José Bernardes e Sebastião Andriani formaram uma comissão com o objetivo de promover a emancipação política de Navegantes.
Esta determinada comissão promoveu reuniões e debates de esclarecimentos nas comunidades, reuniu assinaturas de populares e, apoiados pelo Deputado Elias Adaime, redigiram documento solicitando a emancipação política, que foi encaminhado à Câmara Municipal de Itajaí pelo então vereador Nilton Kucker. Após muitas sessões de discussão, em 1962 município é criado e consequentemente desligado de Itajaí.

Formação Administrativa

Elevado à categoria de município com a denominação de Navegantes pela Lei Estadual n.º 828, de 30-05-1962, sendo desmembrado de Itajaí. Sede no atual distrito de Navegantes. Constituído do distrito sede. Instalado em 26-08-1962.

Em divisão territorial datada de 31-12-1963 o município é constituído do distrito sede. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-06-1995.

Em divisão territorial datada de 15-07-1997 o município é constituído de 2 distritos: Navegantes e Machados.

Em divisão territorial datada de 2014 o município é constituído do distrito sede.