O nome da cidade deve-se a junção da proximidade do exuberante Vale do Guaporé, na fronteira do Brasil com a Bolívia, com o nome do rio que banha as suas terras.

Formação Administrativa

Distrito criado com a denominação de São Francisco do Guaporé, pela Lei Municipal n.º 135, de 04-10-1993, subordinado ao município de Costa Marques.

Em divisão territorial datada de 1993, o distrito de São Francisco do Guaporé, figura no município de Costa Marques.

Elevado á categoria de município e distrito com a denominação de São Francisco do Guaporé, pela Lei Estadual n.º 644, de 27-12-1995, alterada em seus limites pela Lei Estadual n.º 771, de 07-04-1998, desmembrado do município de Costa Marques e Seringueiras. Sede no atual distrito de São Francisco do Guaporé. Constituído do distrito sede. Instalado em 01-01-1997.

Em divisão territorial datada de 2001, o município é constituído do distrito sede.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2007.