A história de Santa Cruz Cabrália começa verdadeiramente quando em 1° de maio de1500, Pedro Álvares Cabral mandou erguer a Cruz com as armas e divisas reais de Portugal.

Registros da época permitem concluir ter havido mais de uma povoação em Santa Cruz. Duas primeiras se sucederam em ambas margens do Mutarí e na parte final do curso. Mas, devido a brevidade desse trecho do rio e a distância de poucos metros de um lado a outro, as duas povoações estariam tão próximas, que se pode admitir com fases no desenvolvimento do mesmo povoado.

O território fazia parte da capitania de Porto Seguro doada a Pero de Campos Tourinho por carta régia de 27 de maio de 1534 e foral de 23 de setembro do mesmo mês e ano.

Em 1536 Pero de Campos Tourinho fundou na enseada da baía uma povoação, denominada Vera Cruz, que foi arrasada pelos Aimorés em 1564. Por esse motivo, os habitantes mudaram-se para as margens do Rio Sernampetiba ou Rio João de Tiba, surgindo nova povoação conhecida por Santa Cruz.

Segundo Fontana, a vila de Santa Cruz foi criada em 9 de maio de 1833 e instalada a 23 de julho do mesmo ano. Manteve-se autônoma até 8 de julho de 1931, quando foi extinta e anexada ao município de Porto Seguro. Em 1933, passou a chamar-se Santa Cruz Cabrália. Em 30 de março de 1938, por força do Decreto-Lei estadual n.°10.724, a vila ganha autonomia política e categoria de cidade.
A partir de 1973, com a conclusão da BR-101 e a construção da estrada ligando Porto Seguro a Santa Cruz Cabrália, o cenário do descobrimento, começam a atrair turistas. Em 29 de janeiro de 1981, o núcleo histórico de Santa Cruz Cabrália é tombado como Patrimônio , Cultural e Paisagístico.