Plantada em terras férteis, num recanto deste imenso Brasil, torna-se conhecida a história de Jaguaquara a partir de 1840, conforme nos relatam os documentos e nos contam seus primeiros filhos.


Nasceu esta próspera cidade de uma fazenda chamada "Toca da Onça" que em 1840 pertenceu a Manoel Esteves de Souza, época em que foi inventariada, por morte de sua mulher Maria Tereza de Jesus.Feita a partilha, ficou a fazenda pertencendo a Manoel Inácio Barreto e sua esposa Maria Cândida de Jesus, filha do casal acima citado. Com o falecimento de Manoel Inácio Barreto e sua mulher; ficou a fazenda pertencendo a sua filha Maria Francisca de Jesus, sendo registrada pelo seu tutor em 12 de junho de 1858. Passando-a posteriormente a Manoel Coelho Lima que a vendeu em 16 de junho de 1877 a Fortunato Coelho & Cia. Firma estabelecida em Aratuípe, Estado da Bahia, a qual foi sucedida pela firma Pinho Avelar & Cia. Que juntamente a Antônio Gomes Pita organizou uma sociedade comercial sob a denominação de Gomes Pita & Cia, instalada na sede da fazenda Toca da Onça, extinguindo-se em 1895, com o falecimento do sócio Antônio Gomes Pita.


Em julho de 1896, Fortunato Pinho Avelar & Cia e Guilherme Martins do Eirado e Silva fundaram uma sociedade mercantil com a denominação de Guilherme Silva & Cia., sediada na fazenda Toca da Onça. Tendo ficado como sócio gerente da companhia, o Coronel Guilherme transferiu sua residência para a fazenda Toca da Onça em 2 de julho de 1896.


Começa, assim, a verdadeira história de Jaguaquara, com a chegada à fazenda Toca da Onça, do casal Guilherme Martins do Eirado e Silva e Maria Luzia de Souza e Silva, batalhadores incansáveis para a criação do nosso município. Na sede da fazenda existiam, então, três casas: uma de residência, casa sede, mais tarde doada pelo Coronel Guilherme às Franciscanas Imaculatinas, hoje, ampliada, é o Colégio Luzia Silva, nome dado em homenagem a sua esposa; uma de negócio com depósitos, dependências de empregados e rancharia para viajantes, foi demolida para construir a atual Praça J. J. Seabra; e uma outra casa de farinha que foi reformada e pertenceu ao Deputado Federal Dr. Menandro Minahim.


A nova família radicada na fazenda Toca da Onça criava laços de amizade e os negócios prosperavam. Em 12 de outubro de 1901, foi revalidado o contrato social, agora, integrando a firma Fortunato Pinho Avelar & Cia, participando em igualdade de condições, com parte do capital social da firma. A firma Guilherme Silva & Cia. funcionou 12 anos, de 1896 a 1908, até que o Coronel Guilherme adquiriu a parte da firma que cabia a Fortunato Pinho Avelar & Cia, inclusive a fazenda Toca da Onça, e feito distrato social passou a girar a nova firma com a razão social de Guilherme Martins do Eirado e Silva. Em 1912 foi iniciada a construção das primeiras casas que formariam o povoado Toca da Onça, cujo território fazia parte do município de Areia, atual Ubaíra, sob a orientação e incentivo daquele que tinha o firme propósito de transformá-lo em cidade.


Em 1913, após enfrentar árduas lutas consegue o senhor Guilherme Silva a construção da estação da estrada de ferro Nazaré, na sede do povoado, pois queriam, outros, que a estação fosse construída na Casca. Ele já amava demais esta terra que o recebeu, que o inspirou, que o projetou politicamente em todo Sudoeste baiano e que serviu de berço para nove dos seus dez filhos, por isso não admitia a passagem da estrada de ferro por fora do povoado.


Em 1915 consegue a sua segunda vitória, é aprovada e sancionada a Lei nº 174 de 05 de outubro de 1915, que mudou para Jaguaquara a denominação do povoado Toca da Onça. Denominação que segundo Teodoro Sampaio, famoso engenheiro civil baiano, em língua indígena Tupi traduz a sua origem primitiva: JAGUAR onça, QUARA toca.


A 16 de maio de 1916 foi criado o distrito de sub delegacia de Jaguaquara pelo Decreto nº 1540; e pela Lei estadual nº 1192 de 04 de junho de 1917 foi transferido o 5º distrito de paz do povoado de Pé de Serra para o de Jaguaquara; então um povoado novo e próspero.


O distrito de Jaguaquara figura entre os componentes do município de areia, nos quadros de apuração do recenseamento geral de 01 de setembro de 1920.


Pela Lei estadual nº 1472 de 18 de maio de 1921, Jaguaquara foi elevada a categoria de Vila e Município sendo, conseqüentemente, seu território desanexado do município de Areia.


Conforme o Decreto nº 2473 de 30 de maio de 1921, a primeira eleição para intendente de Jaguaquara foi realizada em 03 de julho de 1921, sendo o primeiro intendente eleito o senhor Guilherme Martins do Eirado e Silva, o qual foi empossado em 26 de agosto de 1921.

Pela Lei nº 1560 de 17 de julho de 1922, criou-se o termo Judicial de Jaguaquara e no dia 20 do mesmo mês foi nomeado o Bacharel Antônio Ferreira Santos. A instalação do termo e posse do seu primeiro Juiz deu-se a 07 de setembro de 1922, data comemorativa do centenário da Independência do Brasil.


A sede do município de Jaguaquara foi elevada à categoria de cidade pela Lei nº 1673 de 30 de agosto de 1923.


Na divisão administrativa pertinente ao ano de 1933, são os distritos de Jaguaquara, Itiruçu e Rio Preto que constituem o município. Havendo várias modificações no seu quadro territorial ficou finalmente estabelecido, pelo Decreto-Lei estadual nº 141 de 31 de dezembro de 1943, que o município ficaria composto dos seguintes distritos: Jaguaquara, Apuarema, Ipiúna e Itiruçu. No entanto, o Decreto estadual nº 12978 de 01 de junho de 1944 restabeleceu o município de Itiruçu, cujo território foi desanexado do de Jaguaquara, que ficou constituído apenas de três distritos: Jaguaquara, Apuarema e Ipiúna. Posteriormente, o distrito de Apuarema foi elevado a categoria de município tendo o seu território desanexado do de Jaguaquara, logo, o município de Jaguaquara é composto pelos distritos de Jaguaquara e Ipiúna.