Povos pré-históricos e nômades viveram há 12 mil anos na região de Iraquara, conforme mostram pinturas rupestres, fósseis e registros arqueológicos encontrados em grutas e abrigos originados pela formação calcária do subsolo.

Os colonizadores começaram a chegar à região na metade do século XIX, atraídos por diamantes e ouro, e formaram garimpos que deram origem a povoados. A exploração de minérios fez surgir a Estrada Real, que cortava a Chapada Diamantina no sentido norte-sul, ligando Jacobina a Rio de Contas e passando por Iraquara e Seabra.

A descoberta de um poço com água abundante no leito do Riacho Água de Rega, por um tropeiro chamado Manoel Félix, fez surgir o povoado Poço do Manoel Félix. Em 1930, tornou-se distrito com o nome João Pessoa. Em 1962, o município foi criado com nome Iraquara, vocábulo tupi que significa o buraco das abelhas.

Formação Administrativa

Distrito criado com a denominação de João Pessoa pelo Decreto Estadual n.º 8416, de 10-05-1933, subordinado ao município de Seabra.

Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o distrito de João Pessoa, figura no município de Seabra.

Assim permanecendo em divisões territorias datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 141, de 31-12-1943, retificado pelo Decreto Estadual n.º 12978, de 01-06-1944, o distrito de João Pessoa tomou a denominação de Iraquara.

Em divisão territorial datada de 1-VII-1950, o distrito de Iraquara, figura no município de Seabra.

Elevado à categoria de município com a denominação de Iraquara, pela Lei Estadual n.º 1697, de 05-07-1962, desmembrado de Seabra. Sede no antigo distrito de Iraquara. Constituído de 2 distritos: Iraquara e Iraponga, ambos desmembrados de Seabra. Instalado em 07-04-1963.

Em divisão territorial datada de 31-XII-1963, o município é constituído de 2 distritos: Iraquara e Iraponga.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2015.