No século XVIII, em conseqüência da descoberta do ouro em Cuiabá, Mato Grosso, desde 1719, os paulistas já cruzavam os campos ou sertões de Araraquara, que compreendiam, além de Rio Claro, os atuais territórios dos municípios de Araraquara, São Carlos e Descalvado, para evitar as febres do roteiro do rio Anhembi (Tiete). Bandeirantes e aventureiros ali se fixaram, construindo as primeiras casas em suas propriedades, as margens do Ribeirão Claro. Tornou-se esse rincão o pouso dos viajantes dos sertões.

Os informes exatos a respeito do Morro Azul começaram a aparecer, entretanto, no primeiro vintenio do século XIX, quando a Vila de Moji-Mirim para lá enviou os primeiros povoadores. Em 1817, Manoel De Barros Ferraz e a família Galvão, procedente de Itu, representada por Joaquim Galvão de França requerem a primeira sesmaria nos sertões do Morro Azul, logo depois vendida; grande parte dessa gleba transformou-se mais tarde, na fazenda Ibicaba, e o senhor Nicolau Vergueiro, associado ao Brigadeiro Luiz Antonio, fundou aí o Engenho de Ibicaba, dedicada ao fabrico de açúcar e criação de animais, realizando um grande trabalho de colonização.

No ano seguinte foi concedida a segunda sesmaria à família Góes Maciel e, três anos depois, uma outra concessão aos irmãos Pereira, no lugar denominado Ribeirão Claro, onde formaram uma grande fazenda de criação - o "Curral dos Pereiras", onde, em 1822, com a criação da Vila da Constituição, hoje Piracicaba, começou a formar-se um povoado, que se denominou São João Batista do Ribeirão Claro. Outra sesmaria importante foi concedida às margens do rio Corumbataí: a do capitão Francisco da Costa Alves, em cuja fazenda erigiu uma capela, sob a invocação de São João Batista.

A partir das concessões de sesmaria, começaram a chegar fazendeiros abastados, trazendo escravos, agregados, força e dinheiro. Dentre os primeiros colonizadores destacaram-se os Costa Neves, Os Góes, Paes de Arruda, Senador Vergueiro, Paes de Barros, Cardoso de Negreiros e outros. Mais tarde, imigrantes suíços e alemães foram introduzidos pelo Senador Vergueiro, através de sua colônia Agrícola de Ibicaba que, não se ajustando fixaram-se na área urbana.

O Padre Delfino (Delfin da Silva Barbosa), quando celebrou missa na sesmaria do Corumbataí, de seu amigo Francisco da Costa Alves, trouxe consigo a imagem de São João, que passou a ser o padroeiro da região.

Os habitantes do local, pleiteando a vinda do Padre para perto de seus lares, construíram uma casa paroquial e uma igrejinha, improvisada nas terras de Manoel Paes Arruda, em torno da qual surgiram novas construções, casas residenciais e de comércio.

A vista dessas iniciativas, Paes Arruda e Manoel Afonso Taborda doaram como Patrimônio de São João Batista, a área para edificação da futura cidade e de igreja definitiva. Em 1926, quando se cogitou a transformação do lugarejo em capela curada, houve divergência quanto à fixação da localidade, visto que tanto os que possuíam propriedades ao sul do Curral do Pereiras como os que a possuíam ao norte da Fazenda Costa Alves se avocavam esse direito. Antonio Paes de Barros, mais tarde Barão de Piracicaba, a quem foram delegados poderes para escolha do local, deliberou que fossem comprados os terrenos do chapadão, confinantes com o Curral dos Perreiras e pertencentes a Manoel Paes de Arruda e Manoel Afonso de Taborda. Nesse sentido, alguns moradores dirigiram petição ao vigário capitular, em São Paulo, em que se mostrava a conveniência de ser criada a capela curada em São João Batista do Ribeirão Claro, sendo a pretensão atendida em 1827, quando ainda continuava o Padre Delfino na capelinha improvisada quando. Somente no ano seguinte ele se transferiu para a nova matriz ainda inacabada e, em 1830, foi elevada a Freguesia com o nome de Capela Curada de São João do Rio Claro.

Foi concedida a Companhia Paulista de Estrada de Ferro a ligação entre Campinas e Rio Claro, inaugurada em 1876. Uma nova Ferrovia, ligando Rio Claro a São Carlos e Araraquara, foi construída entre 1881 e 1885, pela Companhia de Estradas de Ferro do Rio Claro, mais tarde adquirida pela Companhia Paulista, atual FEPASA.

Formação Administrativa

Distrito criado com a denominação de São João Batista de Rio Claro, pelo Decreto Imperial, de 09-12-1830, subordinado ao município de Piracicaba.

Pela Lei n.º 25, de 08-03-1842, transfere o distrito de São João Batista de Rio Claro do município de Piracicaba para Limeira.

Elevado à categoria de vila com a denominação de São João do Rio Claro, pela Lei Provincial n.º 13 de 07-03-1845, desmembrado dos municípios de Limeira e Mogi Mirim. Constituído do Distrito Sede. Sede na antiga vila de São João Batista de Rio Claro.

Pela Lei Provincial n.º 5, de 05-07-1852, e por Decreto Estadual n.º 9, de 08-01-1890, é criado distrito de Itarapina e anexado a vila São João Batista de Rio Claro.

Elevado à condição de cidade com a denominação de São João do Rio Claro, pela Lei Provincial n.º 44, de 30-04-1857.

Pelo Decreto Estadual n.º 105, de 17-12-1890, é criado o distrito de Anápolis (ex-povoado), e anexado ao município de São João do Rio Claro.

Pela Lei Estadual n.º 505, de 21-06-1897, é desmembrado de São João do Rio Claro o distrito de Anápolis. Elevado à categoria de município.

Pela Lei n.º 262, de 30-04-1894, é criado o distrito de Santa Cruz da Boa Vista e anexado ao município de Rio Claro.

Pela Lei Estadual n.º 884, de 31-10-1903, é criado o distrito de Itaqueri da Serra e anexado ao município de Rio Claro.

Pela Lei Estadual n.º 975, de 20-12-1905, o município de São João do Rio Claro tomou a denominação de Rio Claro.

Pela Lei n.º 1.011, de 13-10-1906, é alterada a denominação do distrito de Santa Cruz da Boa Vista para Ipojuca.

Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o município é constituído de 4 distritos: Rio Claro (ex-São João do Rio Claro), Ipojuca (ex-Santa Cruz da Boa Vista), Itaqueri da Serra e Itirapina.

Pela Lei Estadual n.º 1.527, de 27-12-1916, é criado o distrito de Santa Gertrudes e anexado ao município de Rio Claro.

Pela Lei Estadual n.º 1.669, de 27-11- 1919, é criado o distrito de Corumbataí e anexado ao município de Rio Claro.

Nos quadros de apuração do recenseamento geral de 1-IX-1920, o município é constituído de 6 distritos: Rio Claro, Corumbataí, Ipojuca, Itaqueri da Serra, Itirapina e Santa Gertrudes.

Assim permanecendo em divisão administrativa referente ao ano de 1933.

Pelo Decreto-lei Estadual n.º 7.031, de 25-03-1935, são desmembrados do município de Rio Claro os distritos de Itirapina e Itaqueri da Serra, para constituir o novo município de Itirapina.

Em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937, o município é constituído de 4 distritos: Rio Claro, Corumbataí, Ipojuca e Santa Gertrudes.

Pelo Decreto-lei Estadual n.º 14.334, de 30-11-1944, o distrito de Ipojuca passou a denominar-se Ipeúna.

No quadro fixado para vigorar no período de 1944-1948, município é constituído de 4 distritos: Rio Claro, Corumbataí, Ipeúna (ex-Ipojuca) e Santa Gertrudes.

Pela Lei Estadual n.º 233, de 24-12-1948, são desmembrados do município de Rio Claro os distritos de Corumbataí e Santa Gertrudes, elevados à categoria de município. A Lei Estadual acima citada cria os distritos de Ajapi e Assistência anexando-os ao município de Rio Claro.

Em divisão territorial datada de 1-VII-1950, município é constituído de 4 distritos: Rio Claro, Ajapi, Assistência e Ipeúna.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1960.

Pela Lei Estadual n.º 8.092, de 28-02-1964, é desmembrado do município de Rio Claro o distrito de Ipeúna. Elevado á categoria de município.

Em divisão territorial datada de 31-XII-1968, o município é constituído de 3 distritos: Rio Claro, Ajapi e Assistência.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2009.