Águas de São Pedro não teve a formação da maioria das cidades brasileiras, por meio da espontânea fixação do elemento colonizador e do desenvolvimento social e econômico da comunidade. Resultou a criação do Município, ao contrário, da conveniência de ser instalada uma estância hidromineral, com administração autônoma e condições ideais para uma estação de tratamento e repouso, sem os inconvenientes peculiares aos núcleos urbanos em crescimento, particularmente os que decorrem da implantação de indústrias e da expressiva concentração demográfica.

A constatação de águas medicinais na região data da década de 1920. Nesse ano, ao procederem à perfuração do solo para pesquisar petróleo, atingindo 1615 metros de profundidade, os pesquisadores descobriram no subsolo um inesgotável manancial de águas medicinais, cuja qualidade foi comprovada pela análise do Instituto de Pesquisas Tecnológicas - IPT, da Universidade de São Paulo, e estudada pelo Professor Aguiar Pupo, então Diretor da Faculdade Paulista de Medicina.

Como marco histórico, existe a torre de petróleo erguida por Angelo Ballone, imigrante italiano, localizada na estrada velha de São Paulo.

A estância de Águas de São Pedro foi fundada a 25 de julho de 1934, por Carlos Mauro, que teve como colaboradores, entre outros, Patrício Miguel Carreta, Joviano Nouer e Antônio Albino Ribeiro.

Em 1936, os irmãos Moura Andrade, Antônio Joaquim e Octávio, organizaram a Empresa Águas Sulfídricas e Termais de São Paulo, com o objetivo de desenvolver uma modelar Estância hidromineral.

Formação Administrativa

Elevado à categoria de município e distrito com a denominação de Águas de São Pedro pela Lei Estadual n.º 233, de 24-12-1948, desmembrado de São Pedro. Sede no atual distrito de São Pedro. Constituído do distrito sede. Instalado em 02-04-1949.

Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído do distrito sede.

Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2017.